O surgimento do Colégio Franciscano Coração de Maria remonta ao esforço da Congregação das Irmãs Franciscanas do Coração de Maria, as quais acreditavam que a educação pudesse ser um elemento importante para a construção da cidadania. Essa escola, que era mantida pela Congregação e, portanto, privada, possuía regras em consonância com o modelo vigente de educação, além de que cultivavam valores, com o intuito de legitimar os julgamentos, o senso de responsabilidade e as práticas sociais. Durante vários anos, as professoras da Escola foram as Irmãs.
Em 1925, as Irmãs Franciscanas do Coração de Maria, a pedido dos Frades Capuchinhos vieram para Penápolis, foi aberta então, a Escola primária e também o Internato para meninas que recebeu o nome de Escola Santa Clara, localizado próximo ao santuário São Francisco de Assis.
Em 1927, as irmãs abriram na Escola Santa Clara, a primeira Escola Normal do noroeste.
Em 1928, a Congregação das Irmãs Franciscanas do Coração de Maria, com a compra de um terreno, começou a construir o prédio atual. A construção durou três anos e muitas pessoas ajudaram doando matérias, as Irmãs pensaram na construção de uma escola voltada às necessidades e aos interesses específicos da comunidade.
Em 1929, houve a queda da Bolsa de Valores de New York, e com a queda do café muitos pais que eram comerciantes e fazendeiros e tinham filhas no internato, por dificuldades financeiras dos pais que não tiveram mais como pagar, não tendo como manter o internato, as Irmãs tiveram que encerrar suas atividades na parte de Escola Normal.
Em 1931, o prédio foi inaugurado e a beleza da construção chamava tanto a atenção quer os penapolenses vinham passear aos domingos. O prédio tem uma estrutura muito sólida e até hoje portas e pisos são originais. A Escola recebeu o nome de Educandário Coração de Maria.
Em 1944, reabriu a Escola Normal, e passou a funcionar também na escola primária aulas para meninas e meninos. Os meninos faziam até a 3ª série, e na 4ª série iam para escola pública.
Em 1950, foi criado o ginásio só para meninas, junto com a escola normalista, as irmãs criaram para quem tinha dificuldades econômicas a escola profissional que ministrava aulas de corte de costura, bordado, flores e arte culinária.
Em 1969, após 46 anos de atividades por fatores econômicos, como o congelamento de mensalidades pelo governo durante cinco anos, a ascensão da escola pública, o Educandário Coração de Maria, encerrou suas atividades.
Após Seis anos de encerramento de suas atividades educacionais, a Congregação das Irmãs Franciscanas do Coração de Maria recebendo pedidos dos cidadãos penapolenses para o retorno das Irmãs na área educacional, foi designada para reabertura a Irmã Leoni Abdalla, que encontrou o prédio em estado deplorável, por ter sido alugado, sem manutenção e muito destruído, tendo que providenciar todos os móveis e concerto do mesmo.
Em 1976, a Escola de Educação Infantil e de 1° e 2° Graus “Coração de Maria”, recebeu autorização de funcionamento pela — Portaria CERN, D.O de 31/01/76. Foi reconhecido — Pela CEI, Diário Oficial de 29 de maio de 1980.
Porém, dado o aumento da demanda, se fez necessário adequar o espaço de atendimento. Foram feitas as construções de dois prédios que abrigassem, um o Jardim de Infância e outro o Ensino Médio. Recebeu autorização de Funcionamento do Ensino Médio pela Portaria do Diretor Regional de 26/01/94 da DRE Araçatuba (D.O 02 de fevereiro de 1994).
Em 1999 alteração do nome para Colégio Coração de Maria.
D.O. 20/09/2003, A Escola de Educação Infantil e de 1° e 2° Graus “Coração de Maria”, de Penápolis, com aprovação de seu Regimento Escolar, passa a denominar-se “Colégio Franciscano Coração de Maria”, retroagindo seus efeitos ao ano de 1999.
D.O.E. De 04/09/2012, a Dirigente Regional de Ensino toma ciência e torna pública a transferência da entidade mantenedora do Colégio Franciscano Coração de Maria, para Associação Franciscana de Assistência Social Santa Clara que passou a ser a Mantenedora da Escola, a qual manteve, no entanto, a autonomia administrativa, didático-pedagógica e de gestão financeira.
De 31/01/1976 até 14/01/2007, a Escola foi dirigida pela irmã Leoni Abdalla, que teve como sucessora a irmã Irma Madalena Calgarôto, que por sua vez, ficou no cargo de 15/01/2007 até 31/01/2009. De 31/01/2009 até 21/08/2009, a diretora da Escola foi à Irmã Elisa Fortuna. De 21/08/2009 até 18/01/2013 a direção ficou a cargo de Irmã Maria Luiza Passarim Maricato, a partir de 18/01/2013, exerce essa funçãoIrmã Olga Mazzon Leite.
Da trajetória da Escola aqui brevemente relatada desprende-se o perfil dos estudantes do Colégio Franciscano Coração de Maria, notadamente oriundos de famílias da comunidade que, preocupadas com uma educação humanista para seus filhos, divisam o ensino como um dos principais aspectos dessa formação. O Colégio Franciscano Coração de Maria, à luz dos propósitos de respeito, autonomia, criticidade e liberdade, propostos e propagados por São Francisco de Assis, promove visão de mundo que prima pela vida em plenitude, tendo-a como foco e bem maior a ser alcançado.
O Colégio Franciscano Coração de Maria, é uma Escola comunitária confessional católica não só por sua conformação jurídico-administrativa, mas, especialmente, pelo fato de possuir um legado cultural e histórico em que interesses e ideais são codificados numa filosofia própria, aberta à comunidade na qual se insere, primando pelo respeito, amizade, criatividade e disciplina de seus estudantes. Na condição de instituição privada, é sustentada com os recursos auferidos das anuidades pagas pelas pessoas que contratam seus serviços. Não visa, porém, a lucros nem distribui dividendos, caracterizando-se, por isso, como comunitária. É confessional pelo fato de que suas ações são inspiradas nos ideais de Jesus Cristo.
O presente Documento pretende dar visibilidade ao conjunto de aspectos essenciais e referenciais que dão continuidade ao processo educativo iniciado há 91 (noventa e um anos), de tal forma que o diálogo, a autocrítica, a inovação, como dinâmica gestada na historicidade pessoal e institucional, e a honestidade continuem a se apresentar como posturas e posições que viabilizam e possibilitam a construção da Escola comunitária e confessional católica, preocupada com questões culturais, artísticas, cognitivas, intelectuais, econômicas e ambientais.
O debate constante se constitui em avaliação permanente, dando ao Projeto Político-Pedagógico a dinamicidade que lhe confere caráter inconclusivo e, portanto, permanentemente aprimorado.
No Colégio Franciscano Coração de Maria, os objetivos cumprem importante papel na definição de ações e propósitos mais amplos que, por sua vez, respondem às expectativas e às exigências da comunidade escolar. Assim. O colégio se propõe a: